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Le Musée est installé dans la porte San Sebastiano, l’une des plus grandes et des mieux conservées des Murs Auréliens. Le parcours muséal suit l’histoire des fortifications de la Ville : celles des époques royale et républicaine et celles d’Aurèle (IIIe siècle ap. J.C.).
Le Musée des Murs se trouve dans la Porte de Saint Sébastien, un des plus grands et des mieux conservés parmi les Murs Auréliens. L'aménagement actuel, inauguré en 1990, et situé au premier et au deuxième étage de la porte, est divisé en trois sections -ancienne, médiévale et moderne- et se compose de panneaux didactiques de textes associés à dessins en couleur et photos. Les panneaux expliquent l'histoire des fortifications de la ville, à l'époque royale et républicaine, et à celle de l'Empereur Aurélien, III siècle ap. J. C. Ces dernières sont décrites à travers les événements historiques et politiques qui ont contribué à leur édification et les raisons stratégiques du choix de l'itinéraire; ensuite les panneaux analysent la technique de construction, la typologie des portes et, enfin, les restaurations et les transformations successives.
Dans la salle ronde au premier étage, sont exposés des maquettes des différentes phases de construction des Murs Auréliens, et une, en particulier, qui représente le plan schématique de Rome avec les tracés de ses fortifications. Les deux autres sections, médiévale et moderne, situées au deuxième étage, continuent à illustrer les événements historiques et architectoniques des Murs Auréliens, en soulignant pour le Moyen Age le différent rapport établi entre les murs et le centre habité, devenu désormais harmonieux à cause de la diminution progressive de la population.
Sur les parois dans deux des salles du musée, sont exposés les moulages en plâtre des croix gravées sur la pierre au dessus des arcs d'entrée de certaines portes. Les moulages représentent aussi les croix et les décorations en briques de palmettes et rayons fabriquées par les ouvriers pendant la construction des murs.
Il est aussi possible de visiter la terrasse sur la partie centrale de la porte, entre les deux tours, ainsi que celle de la tour occidentale.